原發(fā)性三叉神經(jīng)痛的病因雖不明確，尚無統(tǒng)一認識，而從現(xiàn)代醫(yī)學來看其發(fā)病機制可能是一種致傷因素，使感覺根半月節(jié)和鄰近的運動支發(fā)生脫髓鞘改變，有—些研究認為，大多數(shù)原發(fā)性三叉神經(jīng)痛的病人有顱底血管對神經(jīng)的反常壓迫。

　　在三叉神經(jīng)痛時，外周神經(jīng)和中樞神經(jīng)都參與疼痛的產(chǎn)生與傳遞，因此根據(jù)現(xiàn)代臨床實踐及動物試驗結果，對原發(fā)性三叉神經(jīng)痛的病因有以下幾種學說。

　　周圍病原學說：三叉神經(jīng)末梢到腦干核團的任何部位發(fā)生病變都可刺激三叉神經(jīng)，使中樞神經(jīng)系統(tǒng)發(fā)生生理功能紊亂和器質性改變，從而發(fā)生三叉神經(jīng)分布區(qū)范圍內的陣發(fā)性劇痛性的學說。

　　中樞病因學說：三叉神經(jīng)系統(tǒng)中樞部的腦內核團，三叉神經(jīng)脊束核丘腦及大腦皮質均可因周圍病變刺激及中樞本身的傷害性刺激，而導致三叉神經(jīng)痛。

　　變態(tài)反應學說：神經(jīng)生理和化學性能紊亂時會引起原發(fā)性三叉神經(jīng)痛，主要發(fā)生在過敏體質的人身上。因為過敏反應而導致該部位組織水腫，會對三叉神經(jīng)帶來壓迫和刺激，導致疼痛。

　　病毒感染學說：大腦皮質是周身感覺的中樞，早有定論，對三叉神經(jīng)系統(tǒng)任何部位的病灶所致的疼痛，均是通過大腦皮質反映出來的，如皰疹和單純皰疹的病毒感染，可沿三叉神經(jīng)系統(tǒng)的通路而侵入三叉神經(jīng)分布相應的大腦皮質，使三叉神經(jīng)疼痛發(fā)作。

　　綜合病因學說：上述各種學說均不能滿意解釋三叉神經(jīng)痛的病因，以致Dott(1951年)認為三叉神經(jīng)痛的起因在腦干內，動作或觸動扳機點可引起短的沖動在腦干內迅速疊加，從而引起劇烈疼痛發(fā)作。

　　近幾年來通過臨床實踐和研究，特別是神經(jīng)顯微外科手術的應用和手術方式的不斷改進，對繼發(fā)性三叉神經(jīng)痛的病因，發(fā)病率的認識有了更深入了解和認識。

　　發(fā)現(xiàn)三叉神經(jīng)系統(tǒng)的所屬部位或鄰近部位的各種病灶均可引起三叉神經(jīng)痛，最常見的病因有顱內和顱底骨的腫瘤，血管畸形，蛛網(wǎng)膜粘連增厚，多發(fā)性硬化等。