三叉神經(jīng)痛的病因尚未完全明了，周圍學(xué)說認(rèn)為病變位于半月神經(jīng)節(jié)到腦橋之間，是由于多種原因引起的壓迫所致。
中樞學(xué)說認(rèn)為三叉神經(jīng)痛為一種感覺性癲癇樣發(fā)作，異常放電部位，可能在三叉神經(jīng)脊束核和腦干。
發(fā)病機理仍在探索中，多數(shù)學(xué)者認(rèn)為是各種原因，引起三叉神經(jīng)局部脫髓鞘產(chǎn)生異常沖動，相鄰軸索纖維突觸形成或產(chǎn)生短路，輕微痛覺刺激通過短路傳入中樞，中樞傳出沖動也通過短路傳入，如此疊加造成三叉神經(jīng)痛發(fā)作。
越怕頭痛頭越痛，精神刺激是常見的三叉神經(jīng)疼痛的原因。有少數(shù)三叉神經(jīng)疼痛患者因為情緒和心情上放不開，整天眉頭緊鎖，為可能要到來的頭痛提心吊膽，結(jié)果是造成自己心情煩躁，而導(dǎo)致疼痛發(fā)作。
在同樣疼痛刺激作用下，情緒鎮(zhèn)靜者比情緒緊張者對疼的感覺要小，疼痛反應(yīng)輕。
在面部都有一個或多個特別敏感的觸發(fā)點，稍不注意就會觸動引發(fā)疼痛，并放射到全身，因此，這也是導(dǎo)致三叉神經(jīng)疼痛的原因。人們觸發(fā)點的位置、大小各不相同，甚至小到一個點或一根胡須，大多分在嘴唇、鼻翼、臉頰、口角、舌頭和眼睛等處。
很多三叉神經(jīng)疼痛患者是由于觸發(fā)點在嘴角處，平時不敢說話、不敢吃飯、不敢喝水，身體缺乏必要的營養(yǎng)成分而引發(fā)疼痛。
神經(jīng)是燃燒及消耗糖的組織，若缺乏維生素會引起乳酸堆積侵入腦部，毒化中樞神經(jīng)系統(tǒng)，使腦組織消耗氧的能力減弱，以至引起暫時性的痙攣，這也是三叉神經(jīng)疼痛的原因。
